这些东西肯定有人写过整理过了……但是凡事还是自己写一遍比较有助于整理思路。
1 达尔文和进化论（以及进化论的现状）
达尔文的书里有很多错误，这是当然。别的不说，不懂遗传学就够他喝一壶了。但是直到现在我们提进化论的时候还是老说到他老人家，因为他确立的两条支柱——自然选择和共同祖先，到现在还没被推翻。
自然选择是说，适应度差异导致的繁殖差异，是诞生如今我们见到的多样性的主要动力。注意是主要，没人说是全部。
共同祖先则是说，地球上所有现存生命来自同一个祖先。
什么时候这两条柱子倒了，那时候我们就得告别“达尔文进化论”了。在此之前，给进化论加上“达尔文”的前缀，虽无必要，但我个人觉得也无不妥。
而现在，进化论依然是一个非常活跃的学术领域，里面争议很多，但还没有什么争议有望把大框架推倒，而且目测也几乎没有以达尔文的观点为靶子的。达尔文错了的那些地方，人们早就知道了。达尔文对了的那些地方，这几年貌似暂时还是对的。
2 生命起源和进化论
这俩真的没关系啊……进化论不负责解释生命的由来。《物种起源》里达尔文明确地说，这个理论是以生命的存在为前提——不但如此，他还是以多样性的存在为前提。
而生命的起源则是另一套话题。当然和进化论颇有渊源，但确实不归进化论管啊。正如宇宙的起源也不归进化论管一样。
只有一种情况下，生命起源领域的研究会影响到进化论——那就是，【如果】我们发现地球上所有现存的生命并不来自于同一个祖先，而是比方说被外星人分多次独立放生的结果。如果是这样，那么两大支柱就要倒一个了。所幸目前还没有任何这样的迹象。
3 物种与类群
讨论进化时常犯的错误，是忘记了讨论的层级，结果提出“高等生物比细菌数量少、分布窄，怎么就进化出来了”这样的问题。
一般把进化分成微观进化和宏观进化两个领域。微观进化研究物种以下的级别，宏观研究物种以上的级别。
微观层面相对比较容易做。假如我们足够仔细地观察研究个体A和个体B，那么我们可以通过A和B的差异来预测它俩谁更可能留下更多后代。或者我们发现群体里一部分个体有特征x、另一部分有特征y，那么研究后可以判断x和y谁更适应，谁更能帮助其携带者繁殖。
但是宏观物种层面就比较难说了。给我物种a和物种b，一百万年之后谁会存活、谁会灭绝？其中的偶然因素太大了，没有什么特别好的办法来预测。目前我们只能粗略地说，现在分布比较广的，数量比较多的，消失的可能性会【略微】低一些。这个差异有数据支持，但是相关性不是很强，例外非常非常多。
至于物种以上的较大类群层面，比如问“鸟类和哺乳类谁更适应/更可能存活下去”，这样的问题通常是没有意义的。多数情况下，每一个大类群内部的多样性，其效果要远远超过类群本身的特征。某一时期一个大类群可能比另一个大类群更繁盛，但是这个繁盛目前来看还预言不了多少东西。
当然最荒谬的是不平级的比较，比如“人类和细菌谁更成功”这样的问题……人类是一个物种，细菌是不知道多少个物种的总和，你叫这俩怎么比。
4 进化的微观趋势
一直有人在提出，应该把“进化”改名为“演化”（不过我个人不太在意，因为我觉得光改名没用）。这是因为“进化”容易给人以“进步”的错觉，好像生物是沿着一段看不见的楼梯慢慢往上爬，最后才爬到人这里似的……
这种趋势当然是没有的。但是，没有沿着楼梯向上爬的趋势，并不意味着没有任何趋势。
微观上，趋势是适应环境。每一种特定的环境都会对其中的生物个体“提出”需求，相对更能满足这些要求的个体更容易存活下来。当然里面有很多随机因素，但是按目前的证据，微观尺度上自然选择还是更重要。
但是这些微观趋势会汇集成怎样的宏观方向呢？这个问题比较复杂，单开一部分。
5 进化的宏观趋势
我在果壳网日志写过一个比较长的随笔： https://www.guokr.com/blog/403529/ 。简要复述如下：
进化【不需要】一个宏观的走向复杂的趋势，也可以诞生复杂生物。想象一个酒鬼在街上随机行走，左边是墙，右边是水沟。第二天早晨我们几乎肯定会发现他躺在水沟里，但这不是因为他喜欢水沟，而是当他随机走到墙根时只能拐回来，而随机走到水沟时就掉进去了。
对于生物来说，道理类似。假定生物演化时对于复杂还是简单，没有任何偏好。那么每一步都是随机的。但是生物界简单有个下限——太简单了就不成其为生物了，而复杂度迄今为止还没有发现上限。那么，生物里面最复杂的一小撮越来越复杂，这没有什么值得惊讶的。
但是，生物真的对复杂和简单没有任何偏好吗？我们不知道。证实偏好的存在与否，眼睛看是看不出来的；如果酒鬼平均每往左边走十步就往右边走十一步，他还是会掉进水沟。这就需要数据了，而目前我们还没有足够的数据。
不过至少有件事情可以肯定：进化并不以人类为其目的。
6 几个对进化论的常见反驳，以及它们为何不成立
我尽量用最简单的话来概括。因为详细的论述太多了。
欢迎补充。
a “半个翅膀有什么用”？ 答：可以滑翔。的确，要想飞行，需要相对完整的翅膀，可是进化是逐步发生的；但这不矛盾，因为不完整的翅膀虽不能飞，但可以干别的；不完整的眼睛不能成清晰的像，但是可以感光或者看到物体轮廓。同样的道理适合于鞭毛等等所谓”不可还原的复杂性“。
b “寒武纪大爆炸是怎么回事”？答：有好几种解释我们不确定哪种对，但都和现有进化理论不矛盾。从复杂生命正式登场的有化石记录的全过程接近1亿年，寒武纪大爆发全长近6500万年，就算只算高潮期也有2000万年。寒武纪的进化比生命史上其它阶段要“快”不少，但远远没快到“突跃”的程度。
c“点断平衡是不是用突变推翻了渐变？”答：还是和达尔文的基本框架不矛盾。早先的观点认为演化速率是大致均匀的，而点断平衡理论认为成种的速率快慢不同，有时很快，大多数时候很慢。这种速率差异最主要的机制是边缘成种。但是边缘成种本身完全是符合经典的进化理论的。点断平衡只是提出了一个新的宏观趋势而已，“断”这个字不意味着中间出现了断裂。我觉得翻译得不太好。
d”没有过渡化石？“答：太多了好不好……始祖鸟这种例子都不想举了。原始人类从700万年前到现在的化石记录几乎快要连上了，中间只剩两三个大概十几万年的缺口。当然我们不能保证它们都是我们的直系祖先，有些可能是大叔大伯之类的。
e”达尔文临终前悔改了？“答：没有。这是个由Lady Hope编造的著名谣言。即便他真的悔改了又怎样？如果爱因斯坦临终前放弃了相对论，我们的宇宙会有什么差异吗？
